1.直接加工出口
依據自由貿易港區的定義，係指「在一國家關稅領域範圍內，劃定一特定區域，准許外國商品自由進入區內從事倉儲、加工、配銷、轉運等生產、貿易活動，不需辦理通關、清關手續，並可在區內自由流通或再出口」之區域；而「自由貿易港區」設置的主要目的在於，提供業者一個充分自由化的經營環境，得以大幅降低營運成本(有無數據或例子來介紹)，提昇國內廠商國際競爭能力，國內外投資意願，帶動相關產業發展及提供大量的就業機會。」因此，落實推動自由貿易港區，將可引進帶來大量外籍商務與勞動人口，加速國際化進程，甚而成為自由貿易港市，增進都市繁榮發展。
台灣之所以需要推動「自由貿易港區」是為因應「全球運籌管理」（Global Logistics）經營模式，目前全球已出現超過600個「自由港」（Free Ports）或「自由貿易區」（Free Trade Zones），提供商業貿易、工業加工、科技開發及物流等綜合性服務。這樣的經營模式，根據經建會委託中華經濟研究院的研究報告結論指出，如果政府成功推動設置「自由貿易港區」，在2003至2007年間，平均每年可為台灣帶動出口及總產值各增加新台幣1200多億元，進口增加880多億元，並可為台灣人民累計創造近17萬人次的就業機會。
訂定「自由貿易港區設置管理條例」是期望用「免稅」、「加值作業」及「通關便捷化」的優惠措施，吸引國內外廠商進駐，藉以繁榮經濟。本條例將「自由貿易港區」視為「境內關外」，進入港區之貨物得在港區內或港區間自由流通，進行倉儲、轉運、加值等作業，並享有貨物免除關稅、營業稅、簡化關務行政及通關申報手續等優惠。外籍商務人士進出「自由貿易港區」，除得依一般（停留或居留）簽證、免簽證、落地簽證或申請旅行證入境外，得經自由貿易港區事業代向自由貿易港區管理機關申請核轉許可，於抵達台灣時申請簽證。但是對於大陸地區或港、澳商務人士則需依兩岸關係相關法規辦理申請進入自由貿易港區從事商務活動。就這一點而言，將限制了自由貿易港區的發展，目前全世界前五百大企業都已在中國大陸設廠，雇用了為數相當多的大陸人士為其高階經營管理人，如果依兩岸關係相關法規來辦理這些管理人員來台進入自由貿易港區從事商務活動，限制頗多，會影響他們來台從事商務的意願。
除此之外，現行「自由貿易港區設置管理條例」還存在了幾個潛在之問題。第一個問題是仍未能處理兩岸直航問題，而此將嚴重地制約自由貿易港區未來的成效。「自由貿易港區」雖可結合「境外航運中心」使台商或外商在台灣地區的國際商港相關範圍內，以「不通關」、「不入境」的方式，從事大陸地區輸往第三地，或第三地輸往大陸地區貨物的轉運，及與轉運作業相關簡單加工的區域 (目前境外航運中心業務規定僅在高雄港管制區內試行)，以實質達成兩岸直航試點功能。然而由於高雄港「境外航運中心」不能將大陸運來的貨物「通關入境」，以致於高雄港對於大陸貨物只能扮演「轉運」的角色，無法再做加工，增加其附加價值，而伴隨通關入境相關的服務業如報關、保險、金融等均無從拓展。至於基隆港，由於其根本不是「境外航運中心」試點，世界各地貨櫃由基隆港轉運大陸，或大陸貨櫃由基隆港轉運至世界各地，均須經過第三地，以致運輸成本大幅增加，影響航商、貨主利用基隆港作為營運總部之意願，對基隆自由貿易港區發展影響至鉅。
第二的問題是自貿港區由於受限於兩岸關係相關法規，以至兩岸的金融往來受到相當的限制，金融往來的不便與成本的增加會影響國內外廠商至自貿港區設廠的意願。
在人流、物流及金流仍有限制下的自貿港區，其營運成效是會受到制約。台灣經濟要有永續發展需要徹底的「自由化及國際化」，所以需要將台灣整體建立成更大格局的「自由貿易區」，基於此點，我們建議台灣必須儘速與主要貿易對手國（包括美國、日本、中國大陸等）簽定「自由貿易區協定」，讓國際企業的人流、物流與金流都能夠完全自由流動。其次，在兼顧國家安全與尊嚴的前提下，儘速推動兩岸直航，廠商可因此而降低營運成本，增強國際競爭力；台灣亦可因此吸引台商及國際各大企業回台至自貿港區內設立營運總部。如此，設置自貿港區的成效才會發揮到極致。
有關自由貿易港區的資料網路上有:
http://www.npf.org.tw/PUBLICATION/FM/093/FM-C-093-138.htm
參考資料 僅參考
| 進駐自由貿易港的好處 | |||||||||||||||||||||
| 在一國家關稅領域範圍內，劃定一特定區域， 准許外國商品自由進入區內從事倉儲、加工、配銷、轉運等生產、貿易活動， 不需辦理通關、清關手續，並可在區內自由流通或再出口 |
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| 「自由貿易港區」設置的主要目的在於，提供業者一個充分自由化的經營環境， 得以大幅降低營運成本(有無數據或例子來介紹)， 提昇國內廠商國際競爭能力，國內外投資意願， 帶動相關產業發展及提供大量的就業機會。」 |
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| 因此，落實推動自由貿易港區，將可引進帶來大量外籍商務與勞動人口， 加速國際化進程，甚而成為自由貿易港市，增進都市繁榮發展。 |
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| 訂定「自由貿易港區設置管理條例」 是期望用「免稅」、「加值作業」及「通關便捷化」的優惠措施， 吸引國內外廠商進駐，藉以繁榮經濟。 |
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| 本條例將「自由貿易港區」視為「境內關外」， 進入港區之貨物得在港區內或港區間自由流通，進行倉儲、轉運、加值等作業， 並享有貨物免除關稅、營業稅、簡化關務行政及通關申報手續等優惠。 |
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| 外籍商務人士進出「自由貿易港區」， 除得依一般（停留或居留）簽證、免簽證、落地簽證或申請旅行證入境外， 得經自由貿易港區事業代向自由貿易港區管理機關申請核轉許可，於抵達台灣時申請簽證。 |
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